Obwohl die Pflanzenwelt oft vergessen wird, setzt sich die Erongo Mountain Nature Sanctuary auch für den Schutz von einheimischen und vor Allem von in der Region heimischen Pflanzen ein.
Das Erongo Gebirge hat durch seine einzigartige Verschiedenheit an Biotopen auch eine einzigartige Flora, es kommen auch für Namibia endemische Arten hier vor.
Während die meisten Pflanzen im namibischen Winter laublos sind, wird im Sommer bzw. mit einsetzender Regenzeit alles grün und sogar einige “Wildblumen” sind eine willkommene visuelle Abwechslung. Dies hält aber meist nur wenige Monate an, bis alles wieder zu dem für die Region so charakteristischen grau- und brauntönen wechselt. Lediglich entlang der Trockenflüsse hat man meist übers gesamte Jahr grünen Bewuchs.

Seltenes Schauspiel in einem Biotop der sonst als Halbwüste gilt

Da der Westen des Erongo Gebirges schon zur Halbwüste gehört, gibt es im Erongo - vor Allem in den westlichen Gebieten - viele der für West und Nordwest Namibia typischen und ikonischen Arten. So kann man in felsigem Gebieten regelmäßig auf Moringa, Kobas (Butterbaum), Sterculia und verschiedene Commiphera (Balsam Busch) treffen. Weiterhin kommen Euphorbien - Afrikas Kakteen - und sehr lokal auch Lithops vor.
Auch viele Akazien-Arten kommen weiterverbreitet vor. Während die Landschaft meist mit kargen Sträuchern oder Büschen bedeckt ist, zeigt sich an den größeren Trockenflüssen ein anderes Bild. Hier wachsen, bedingt durch den besseren Grundwasserspiegel, teilweise große Bäume. Während am Fuße der Granitberge hier und da noch ein Feigenbaum steht, wachsen an den Rändern des sich durch die Landschaft schlängelnden Rivieres (Trockenfluss) vor Allem Ahnen- und Anabäume, sowie auch Schirmakazien. Speziell die Schoten der Anabäume werden vom Wild gern gefressen und ziehen immer viel Wild an.

Naturschutz Projekte in der Pflanzenwelt denen sich die Erongo Mountain Nature Sanctuary annimmt, sind vor Allem die Ausmerzung von Prosopis (P. glandulosa) im gesamten Erongo Gebirge. Prosopis sind in Namibia nicht heimisch, sie wurden vielmehr aus Mittelamerika eingebürgert. Der ursprüngliche Gedanke war wahrscheinlich um schattenspendende Bäume zu pflanzen, da Prosopis oft das ganze Jahr über Blätter tragen. Desweiteren sind die Schoten extrem nährreich und wurden an Vieh verfüttert. Nichtsdestotrotz ist der Prosopis eine sehr aggressive Pflanze die die einheimische Flora schonungslos verdrängt. Dies ist besonders an den Trockenflüssen der Fall. Aber auch an Gehöften und Siedlungen ist der Prosopis sehr häufig anzutreffen. Obwohl die Situation im Erongo Gebirge noch vergleichsweise gut ist, gibt es trotzdem Bemühungen den Prosopis zu bekämpfen.
Wegen ehemaliger Überweidung durch Vieh - und dazu die guten Regenfälle der letzen 10 Jahre - haben sich im Erongo viele große Lichtungen im Buschland geschlossen. Meist wachsen die Lichtungen sehr schnell mit der Rotrindenakazie (Acacia reficiens) zu. Da solche großen offenen Flächen vor Allem für den Springbock sehr wichtig sind, wird auch viel Entbuschung im Erongo betrieben. Dies ist eine sehr zeitraubende Arbeit, wenn man nicht wahllos jegliche Pflanzen entfernen möchte.